ABSTRACT
BACKGROUND: Saliva samples may be an easier, faster, safer, and cost-saving alternative to NPS samples, and can be self-collected by the patient. Whether SARS-CoV-2 RT-qPCR in saliva is more accurate than in nasopharyngeal swaps (NPS) is uncertain. We evaluated the accuracy of the RT-qPCR in both types of samples, assuming both approaches were imperfect. METHODS: We assessed the limit of detection (LoD) of RT-qPCR in each type of sample. We collected paired NPS and saliva samples and tested them using the Berlin Protocol to detect SARS-CoV-2 envelope protein (E). We used a Bayesian latent class analysis (BLCA) to estimate the sensitivity and specificity of each test, while accounting for their conditional dependence. RESULTS: The LoD were 10 copies/mL in saliva and 100 copies/mL in NPS. Paired samples of saliva and NPS were collected in 412 participants. Out of 68 infected cases, 14 were positive only in saliva. RT-qPCR sensitivity ranged from 82.7 % (95 % CrI: 54.8, 94.8) in NPS to 84.5 % (50.9, 96.5) in saliva. Corresponding specificities were 99.1 % (95 % CrI: 95.3, 99.8) and 98.4 %(95 % CrI: 92.8, 99.7). CONCLUSIONS: SARS-CoV-2 RT-qPCR test in saliva specimens has a similar or better accuracy than RT-qPCR test in NPS. Saliva specimens may be ideal for surveillance in general population, particularly in children, and in healthcare or other personnel in need of serial testing.
Subject(s)
COVID-19 , SARS-CoV-2 , Child , Humans , SARS-CoV-2/genetics , COVID-19 Testing , Saliva , Bayes Theorem , COVID-19/diagnosis , Clinical Laboratory Techniques/methods , Nasopharynx , Sensitivity and SpecificityABSTRACT
Sin embargo, COVID-19 puede ser una enfermedad severa en los menores, contribuyendo no solo al número de ingresos a unidades de cuidados intensivo sino al de casos fatales3. Esto indica que los niños infectados constituyen una fuente importante de contagio para sus pares, con evidencia de mayor transmisión en el nivel de secundaria comparado con el de primaria5, así como para los miembros del personal docente y administrativo de sus escuelas. La alternancia se ofrece en diferentes modalidades como la híbrida, en la que es posible que un grupo de estudiantes reciban de manera presencial la clase y el resto lo hagan de manera virtual en forma sincrónica, con opciones de participación en ambos espacios. Garantizar la ventilación adecuada y los recambios de aire, de los diferentes espacios de las instituciones educativas especialmente en las áreas cerradas, es un factor de especial importancia para disminuir la transmisión del virus. Revista Cuidarte. 2021;12(2):e.2244 http://dx.doi.org/10.15649/cuidarte.2244 Recibido: 4 de mayo de 2021 Aceptado: 6 de mayo de 2021 Publicado: 31 de mayo de 2021 H ·Correspondencia Myriam Oróstegui Arenas1 E-mail: ciepi_uis@hotmail.com Esto indica que los niños infectados constituyen una fuente importante de contagio para sus pares, con evidencia de mayor transmisión en el nivel de secundaria comparado con el de primaria5, así como para los miembros del personal docente y administrativo de sus escuelas El conocimiento cabal de la situación epidemiológica